Новейшая история «Маяка» началась в 1990 году, когда команда вернулась в первенство Ростовской области. В тот год футболисты ВКДП выступили во второй группе и заняли в своей зоне 8-е место из 11-ти. Следующий сезон, который «Маяк» проводил, участвуя донских соревнованиях, был в 1995-м году. Команда играла в восточной зоне первой лиги и заняла 7-е место из 9-ти. Однако уже на следующий год команда выходит в финальный турнир первой лиги, где, заняв второе место, добивается права с 1997-го года выступать в классе сильнейших. К сожалению, из-за финансовых проблем «Маяк» так и не начал играть в чемпионате того года.

Одновременно с этим, с 1996 года команда выступала в первенстве России по мини-футболу, где достигла гораздо больших успехов. В 2001 году МФК «Маяк» получил право играть в высшей лиге российского первенства. В Волгодонск приезжали такие знаменитые команды, как «Динамо» (Москва), «Норильский Никель» (Норильск), «Факел» (Сургут) и т.д.

В 2005 году, когда из-за финансовых трудностей снялась с участия в первенстве России главная команда города – ФК «Волгодонск», руководство клуба «Маяк» приняло решение отказаться от участия в соревнованиях по «мини» и направить все силы на поддержку большого футбола в городе.